全面取消农业税以后，我国农村改革进入综合改革的新阶段。在新农村建设全面启动、顺利推进的关键时刻，国务院召开全国农村综合改革工作会议，对于进一步统一思想，巩固农村税费改革成果，加快推进农村综合改革，促进社会主义新农村建设的健康进行，具有十分重要的意义。
我国的改革从农村开始。农村改革近３０年来，沿着社会主义市场经济方向先后实行了三项重要改革：以家庭承包经营为核心的农村经营体制改革、以税费改革为核心的农村分配关系改革和以完善农村上层建筑为核心的农村综合改革。第一步改革奠定了农村市场经济的微观基础，第二步改革理顺了国家与农民的分配关系，第三步改革将使农村上层建筑更加适应生产力发展和经济基础的需要。
农村税费改革以来，通过正税清费、减免直至彻底取消农业税，每年为农民减轻负担１２００多亿元，进一步理顺了农村分配关系，扭转了长期以来农民负担过重的局面，迈出了统筹城乡发展的新步伐。但是，必须清醒地看到，造成农民负担重的一些深层次原因还没有根除，影响农村经济社会发展的体制性机制性弊端依然存在，必须不失时机地、坚定不移地推进农村综合改革，从根本上消除农民负担反弹的隐患。
“十一五”时期是完善社会主义市场经济体制的关键时期，也是加快推进农村改革的重要时期。农村综合改革的目标是，按照巩固农村税费改革成果和完善社会主义市场经济体制的要求，推进乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革，建立精干高效的农村行政管理体制和运行机制、覆盖城乡的公共财政制度、政府投入办学的农村义务教育体制，促进农民减负增收和农村公益事业健康发展，推进农村经济社会全面发展。
乡镇机构改革的核心是转变政府职能。乡镇政府应着重强化为农村经济发展创造环境、为农民提供更多公共服务、为农村构建和谐社会创造条件三个方面的职能，把不应该由政府承担的经济活动和社会事务交给市场、中介组织和村民自治组织。各地要以乡镇机构改革为契机，按照依法行政和搞好为农服务的要求，积极创新农村工作机制；要坚守五年内乡镇机构编制只减不增的底线，合理调整乡镇政府机构和事业站所设置，妥善安置分流人员。
农村义务教育改革的重点是落实教育经费保障机制。要贯彻把义务教育工作的重点放在农村的方针，建立和完善“政府投入办学、各级责任明确、财政分级负担、经费稳定增长、管理以县为主”的农村义务教育体制，加快农村义务教育发展，让每一个农村孩子都有学上、都上得起学；要以全面推进农村义务教育经费保障机制改革为契机，加快教育部门自身的改革，不断提高教育质量和办学水平。
县乡财政管理体制改革要以增强基层财政保障能力为重点。县乡新的财政管理体制框架，要体现财权与事权相匹配，以事权定财权，体现财力支出向公共服务倾斜、向基层倾斜；按照存量适度调整、增量重点倾斜的原则，不断增加对农业和农村的投入；进一步完善转移支付制度，增加一般性转移支付，规范专项补助，减轻基层财政负担；继续推进“省直管县”财政管理体制和“乡财县管乡用”财政管理方式改革试点，增强基层政府履行职责和提供公共服务的能力。
推进农村综合改革，是社会主义新农村建设的重要任务，是一次重大的制度创新和社会变革，不仅是经济领域的改革，而且涉及政治、社会、文化等领域，意义更深刻，任务更艰巨。各地区、各部门要坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，牢固树立和全面落实科学发展观，充分认识农村综合改革的重要性、艰巨性和长期性，切实把思想和行动统一到中央的决策和部署上来，把农村综合改革放在更加突出的位置，克服困难，创造性地开展工作，为建设社会主义新农村、开创农村经济社会发展新局面而努力奋斗。
