玉米深加工产业的发展，正成为东北玉米消费变数中的最主要因素，有专家预计，深加工产业的飞速发展，可能改变东北玉米长期以来的外运状况，并使东北玉米价格水平发生重大变化。而有关粮食专家认为，玉米深加工产业必须及时予以调控，否则可能会对我国的总体粮食安全产生影响。
在9月23-24日于大连召开的"加工转化与粮食外运--东北地区粮食物流研讨会"上，中国粮食行业协会、中国粮食经济协会会长提出，目前东北地区粮食生产和物流产业出现了明显的变化，这些变化可能对我国粮食生产安全和总体格局产生重要影响。他说，目前东北玉米调出量大幅下降，已由原来的1000多完吨下降到目前的100多万吨，这一数字还将随着当地玉米深加工产业的发展而继续减少；同时玉米深加工企业的重复建设现象严重。他认为，东北地区的政府和企业必须适应新形势的变化，确保东北地区粮食物流的基础不发生变化。他建议面对新的变化，政府必须合理做好总体规划，做到引导企业理性投资，地方理性招商，银行理性贷款，同时中央应加强宏观调控，警惕投资过热，对玉米深加工产业的调控必须加强。
东北地区的粮食生产对我国粮食整体安全有着难以撼动的重要地位，对国家的整体稳定也起着关键作用。2005年东北地区粮食商品率达72％以上，居全国之首；2005年东北商品粮总量达6400多万吨，约占全国的1/4以上。但从近几年的发展趋势来看，东北地区的粮食库存与调出量正呈逐步减少的趋势：东北地区粮食库存已由2002年的9500多万吨降至目前的3500多万吨，净降6000多万吨，降幅达63%；2005年东北粮食外运5505万吨，预计今后将逐年下降，到2010年降为3010万吨，下降近一半。东北地区现有年粮食加工能力4049万吨，其中玉米为2046.5万吨，约占一半。保守估计，到2010年东北玉米加工能力将增至3825万吨，比2005年增长86.5%。
中国粮食行业协会、中国粮食经济协会副会长宋廷明在其题为"东北新一轮玉米深加工热亟待降温"的报告中指出，如果放任玉米深加工产业的无序发展，东北地区很快将出现"有粮无流"的现象，10年后可能出现"缺粮倒流"的情况，而这一现象的出现，可能危机我国商品粮的供应。
中国粮油学会理事长认为，目前我国玉米深加工产业的发展已经明显出现了过热的迹象，也违背了我国发展玉米深加工产业的初衷，急需予以调控。他预计，从2007年开始，东北玉米外运可能全部停止，本地玉米产销达到紧平衡的状态，玉米深加工产业将成为决定玉米价格的主体。朱长国说，我国最早鼓励发展深加工产业的目的是为了消化大量积压的陈化粮，而目前发展的趋势已经成了加工产业消化大量新粮，各方抢购玉米的现象不时出现。他表示，我国的情况与美国不同。美国之所以大量发展玉米酒精产业，除了能源代替，更多的而是解决美国玉米的消化问题，因为美国的玉米产量站所有粮食产量的一半以上，政府必须想办法帮农民解决问题。而我国人口众多，粮食问题应放在应该考虑的工作的首位，因此靠粮食转化解决能源问题更是不可能的。他为国家调控玉米深加工产业提出了几点建议：一是提高环保要求，从而加速企业的整合；二是限制玉米酒精企业的发展，具体可以通过取消补贴、限制市场销售通路的方法；三是鼓励发展其他产品（如木薯、秸杆）的酒精生产。
美国谷物协会北京办事处副主任牛一山也提醒说，东北地区的玉米燃料究竟和其他深加工项目发展应该适度，避免过度和重复建设，以免走大豆压榨行业的老路。他表示，美国政府给予农民和玉米酒精企业大量补贴，其目的在于促进玉米的消费，保护农民的利益，只要原油价格在50美元/桶以上，美国玉米酒精企业在政府补贴的情况下就有利润。牛一山建议，我国必须保持和加强东北玉米产业带的生产能力，力争满足本地区、南方甚至出口的要求，而这要靠提高玉米单产水平，增加玉米产量来保证。
早在今年年初，国家发改委就下发文件，提出对于我国的玉米深加工产业要总体规划，协调适度发展，然而各地区的经济增长冲动使得深加工产业的发展速度不但没有下降，反而持续迅猛增加。在这一现象愈发严重的情况下，国家发改委的是否会做出相应的反应，国家会否像对带钢铁项目盲目发展一样"铁腕治粮"，将成为市场关注的焦点。
