一、经营没有合法手续，市场监管成为盲区。
许多设在中小学校园内的食品店并不具备市场许可证，生产人员无健康证，有的甚至没有营业执照，卫生条件根本达不到《食品卫生法》的要求。
二、经营方式多样，管理混乱。
校园食品店的经营方式主要有三种：一是设施归学校，个人承包；二是个人投资，租赁学校房屋；三是各项资产属于学校，由学校指派专人负责经营管理。这就造成了校园食品店隶属关系复杂，管理混乱的局面。个人承包和租赁学校房屋经营者为了追求高利润，食品质量难以保证。即使是学校统一管理的食品店，由于缺乏专业管理经验，也很难达到食品卫生要求。
三、进货渠道混乱，无进货台账。
多数食品店没有进货台账，进货票据用白条代替，没有加盖公章。进货渠道也较混乱，有的是从集贸市场进货，有的是在小食品市场进货，因此根本谈不上办理质检报告等相关手续。甚至还有人购进小作坊生产的“三无”产品、过期食品和假冒食品卖给学生。由于学校采取的是封闭式管理，学生大都在校园内的商店购买食品或饮料，出现问题的可能性很大。
四、商品无标价，经营者随口说。
多数校园食品店经营的食品无价格标签，有的虽然有价格标签，但标价明显高于学校周边的同类商品售价。据调查，学校出售的商品与校园周边的商店、超市出售的相同商品相比，价格高出近４０％。
五、经营场所狭窄，环境卫生堪忧。
大部分学校的经营场所都比较狭窄，有的甚至只有两三平方米大，既无货架，也无柜台；特别是在农村，有的甚至用纸箱、竹筐盛放食品，随意放在地上。
