在医改推进的进程中，国务院医改办和地方医改办之间，中央和地方不同部门之间，都存在想法、做法不尽一致的情况。
过去几年的媒体报道显示，商务部主张医院药房从医院向社会剥离，但国家卫生行政部门对此持审慎态度，多位原卫生部官员曾表示，“医药分开”不能简单理解成直接将药房从医院中剥离出去，相关改革思路仍待进一步明确。以医药分开试点为例，一些地方只把药房从公立医院剥离，是简单的“头痛医头、脚痛医脚”。
国务院医改专家咨询委员会委员、复旦大学教授胡善联指出，中央与地方医改办设置“错位”，对深化医改工作的推进确有影响。但在医改工作中，体制不顺、上下不统一的情况还多有存在。比如与人社部和国家卫计委相关的“城乡医保整合后的管理权归属”问题，在不少地方，城乡医保已整合至人社部门旗下;也有一些地方，医保整体归由卫生部门运行管理。同时，多数省份的药品集中招标采购由卫生部门实施，而早在2011年底，上海市医保办(隶属于上海市人力社保局)开始接手药品招标，探索医保由药费支付方演进为招标主体，直接压低药价的新模式。
有时候，地方情况和中央情况不尽一致，改革环境不同，机构设置不一定要上下一致，但医改办是医改综合协调部门，若其机构设置迟迟不能明确，肯定会给地方医改推进，造成一定困扰。
