北京同仁堂承载了中药发展的印记，在市场经济发展、网络环境复杂的今天，持续探索出一条保持优势，与时俱进的老字号品牌保护之路。
北京同仁堂在创业之初即立下一诺：“炮制虽繁必不敢省人工，品味虽贵必不敢减物力”。以质量和诚信为根本的经营理念，是历代同仁堂人的行为准则。如今，诚信经营的理念正从单纯的产品质量观，扩展到产品质量、服务质量、经营质量和资产质量四位一体的全面质量体系。
近年来，北京同仁堂按照国家《中药材生产质量管理规范》在国内中药材道地产区建立了11个大宗药材种植基地;按照国家《药品生产质量管理规范》，建设了6大现代化生产基地;按照国家《药品经营质量管理规范》，建立了药品经营企业计算机管理系统和质量服务网络，实现了从原料采购到生产加工，再到零售终端的全面质量管理。采购环节，原材料与辅料严格把关，设立专家小组，采用传统经验鉴别与现代化仪器检测相结合的“双保险”形式。制药环节，虽然绝大部分工序已实现机械化生产，但在中药生产的最关键环节——前处理工序，仍然沿用传统的加工炮制方法，保持着人工挑拣原料、去毛、去刺等传统手工操作，去除非药用部分，严格使用高标准的洁净原料，达不到要求的，一律不得投入生产，确保产品“配方独特，选料上乘，工艺精湛，疗效显著”，为社会提供安全药、放心药。
多年来，北京同仁堂始终抓住品牌建设不放松，提出维护、提升和发展品牌是全体同仁堂人的第一要务，要求全体员工要像爱护自己的眼睛和生命一样爱护同仁堂品牌，并通过开展一系列的教育活动，引导全体员工养成诚信自律意识，加强依法生产、经营和管理，提升产品质量、服务质量、经营质量和资产质量，为生产合格药品、提供优良服务打下了很好的基础。
然而，近些年老字号频频遭遇仿冒及加盟店的不规范经营。这不仅损害了消费者的利益，也极大破坏了老字号百年累积的口碑。北京同仁堂积极采取整顿措施，探索打假、保护品牌之路。
北京同仁堂集团品牌法律事务部负责人赵现红说，针对加盟店不规范经营给同仁堂品牌带来的不良影响，北京同仁堂对46家商业加盟店逐一分析，中止了7家不符合同仁堂品牌和诚信要求药店的合同，其余39家加盟店重新组建为19个控股子公司，从管理层面上为规范经营、诚信服务提供了保障。
此外，针对不法商家冒用“同仁堂”名义在多个地区、多家媒体大量发布虚假违法广告这一同仁堂药品“被做广告”、误导消费者的现象，北京同仁堂专门制定方案，采用法律、经济、舆论等各种方式，集中力量，坚决打假，派出20多个专项去向当地有关部门举报，致函有关媒体，发布澄清声明，保护同仁堂品牌，维护消费者利益。
据了解，北京同仁堂还用司法手段对假冒同仁堂品牌和假冒产品行为进行了多起维权诉讼案。
近年来，北京同仁堂在不断强化品牌形象，维护品牌权益的同时，在企业内部也推行了一系列卓有成效的制度和举措。
2009年以来，北京同仁堂在全系统推行《品牌保护信用等级评定办法》，将产品质量、经营质量、服务质量、广告发布、价格管理等内容纳入评定标准，分为A、B、C三级，每年对所属单位信用等级进行考核评定，实施品牌工作一票否决，使诚信自律在基层企业的生产、经营和管理中占据重要地位。还配套制定了31个品牌管理制度，列出了29项品牌管理折子工程，涵盖了生产、经营和管理等各个环节，使品牌诚信体系建设基本做到了制度化、规范化、常态化。
